来自印度的某研究团队认为:新型冠状病毒携带4种来自于HIV的短肽序列。并且企图误导舆论,认为新型冠状病毒可能来自人为蓄意改造。

辟谣:此印度团队的研究方法和逻辑存在根本性错误。并且其观点、推论和结论均不成立,立场非学术意图,目前此研究结果受到各国学者质疑和抨击

 

自1月31日起,印度理工学院的某科研团队在美国冷泉港实验室旗下的BioRxiv预印本(非正规学术期刊)平台上传(非发表)的

一篇关于新型冠状病毒2019-nCoV的文章,引发了全球广泛的关注;

 

新加坡热点分析:冠状病毒含有艾滋病毒序列? 阴谋还是事实?-热点新加坡

BioRxiv预印本到底是什么?

 

BioRxiv旨的是为科学家们提供更快速的文章公开渠道的平台。通常,发表在正规学术期刊上的论文需要经历投稿、初审、完善数

据、二次评审等复杂而坎坷的流程。这一过程消耗的时间往往是以月甚至是年来计算。

 

但有时重要的科学数据等不及漫长的审稿,为了保障时效性,就有了BioRxiv预印本这样的不需要任何审稿过程的预印本平台

任何人任何单位做的任何内容的研究都可以上传到此平台。

 

于是,这个平台上的很多文章都不正规,没经过同行评议和广泛认可。这些上传了的预印本却未能在正规学术期刊上发表的文章。

其大多都有着致命的问题,这篇由印度研究团队上传的论文也不例外。

 

此篇文章研究的是什么呢?

 

第一点,此篇论文的作者细心并且精心“挑选”了一系列的冠状病毒的基因组序列;建立的系统进化树,发现新型冠状病毒和SARS

病毒亲缘关系最近。

 

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系统进化树解析:软件根据基因序列的一致性进行聚类,一致性越高,那么两者间分支的数量就越少,说明亲缘关系越近。反之则越远,作者指出2019-nCoV和SARS病毒亲缘关系最近 

 

于是,此印度科研团队利用此次新型冠状病毒的刺突糖蛋白(Spike glycoprotein)序列和SARS病毒的同源蛋白进行了比对;

 

之后发现2019-nCoV的刺突糖蛋白比SARS病毒的同源蛋白上多出来了4个独立的短肽段(6-12个氨基酸左右)。此团队由此指

出,多出来的4个短肽段是2019-nCoV独有的,其他冠状病毒没有。

 

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蛋白序列比对解析:数字代表蛋白质中氨基酸的排列序号,每个字母代表一种氨基酸。例如M=甲硫氨酸,F=苯丙氨酸等。每大行中有三小行,第一行是新型冠状病毒2019-nCoV,第二行是SARS,第三行是他们之间的一致序列。其中标记为红色的部分说明两者的刺突糖蛋白在这些位置的氨基酸完全一致;蓝色的部分就是不同的;而“----”代表缺失的。可以看到2019-nCoV的刺突糖蛋白在标记的Insert1-4的位置确实比SARS的刺突糖蛋白多了一些肽段 

 

为定位到这些肽段的来源,此团队二次在数据库里进行搜索并得出结论;这些多出来的短肽段竟然和HIV-1中的gp120和Gag蛋

白高度相似。作者认为这一切并非偶然,通过一些结构模拟,他们猜测这些多出来的短肽段可能对新型冠状病毒与其受体的结合有关。

 

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Insert1和2均可与HIV-1的gp120的部分肽段完全100%匹配。而insert3和4则分别与HIV-1的gp120和gag蛋白有不完全的匹配 

 

此后,此科研团队进行了“隐晦”地将论点往人为操作的方向引导;例如,该文的图3的图注原文说“Modelled homo-trimer

spike glycoprotein of 2019-nCoV virus. The inserts from HIV envelop protein are shown with colored

beads, present at the binding site of the protein.” 译文:“新型冠状病毒病毒刺突糖蛋白的同源三聚体结构模拟。

 

我们用几种不同的颜色分别标记了那些来自HIV包膜蛋白的短肽段”。此团队故意使用了“from”一词让读者错以为这些短肽段好像是由HIV嫁接的。

 

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图源 ; https://greatgameindia.com/indian-scientists-discover-coronavirus-engineered-with-aids-like-insertions/

 

此文章在网络上公开后引发了众读者的各种臆想和猜测;有人说,这是中国病毒研究的切尔诺贝利,还有人说这是美国改造病毒的

 

阴谋。此篇论文在逻辑上,研究方法上都存在很大的争议。不仅不严谨而且经不起推敲;

 

以偏概全脱离事实

 

第一点,此科研团队在文章的开篇建立的系统进化树是十分常粗糙的且不严谨的。众所周知,建立进化树时选择的数据越少,推导

出的结论可信度越低。此科研团队用此含糊的手段来刻意定向导出观点,挑选了一些不同来源的冠状病毒数据:例如,蝙蝠、兔

子、猪、骆驼、家禽,及2003年的SARS病毒和2014年的MERS病毒来进行聚类分析。

 

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从此科研团队提供的进化树可以看出;此次新型冠状病毒和SARS的亲缘关系最近,和蝙蝠来源的冠状病毒相差反而更多。

此结果与近日中国多位科研工作者所给出的研究结论相悖。所以在此找到了与这篇论文同一天刊登在《科学》杂志上的一张系统进

化树,其关键数据是中国著名病毒学家——石正丽的科研团队所贡献。

 

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此文献中引用的数据庞大的多,其结论也精准且清晰明了。可以清楚地分类出几个大分支,第一SARS和来自果子狸的SZ3分离株

源度最高,处于同一分支,它们又和一些蝙蝠来源的冠状病毒相似度较高,附属于一个更大的分支内。由此我们可以推断这个病

传播途径是:蝙蝠→果子狸→人;这次的武汉新型冠状病毒和来自蝙蝠的RaTG13分离株的同源度最高,处于另一分支内。两

尽管相似,但大概率具有不同的进化和传播途径。目前由于时间短暂,缺乏更多测序数据,尚无法确定蝙蝠和人之间是否还有中

间宿主。

 

而来自印度的作者无视了RaTG13这个分离株的数据。坚称已发现的4个短肽段的是武汉新型冠状病毒特有的(扭曲事实,暗暗指

人为添加)。而事实上,来自蝙蝠粪便的RaTG13病毒分离株的刺突糖蛋白上也能找到这4个短肽段,或完全一致或高度相似。

说明新型冠状病毒的这些肽段早就天然存在,此科研团队的论点不攻自破。

 
新加坡热点分析:冠状病毒含有艾滋病毒序列? 阴谋还是事实?-热点新加坡比对结果显示,来自蝙蝠粪便的RaTG13病毒蛋白中也能找到文章中提到的4个短肽段,或完全一致或高度相似 

 

欲加之罪扭曲事实

 

这篇文章的另一个关键论点,是这4个短肽段和HIV的蛋白上一些肽段高度同源;但这一论点也同样忽略掉了部分数据。

 

下面这个网站是生物学界最权威的序列比对工具BLAST,有了它,就可以足不出户访问世界上最全的生物学序列数据库,比对任何

序列数据。

 

把1号肽段的6个氨基酸放进查询序列框内,然后直接点击页面底部的BLAST按钮。

 

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从此过程中可以发现,许多蛋白都具有这段6个氨基酸的序列,全都是100%的一致性。它们分别来自不同物种的不同蛋白,从哺乳

动物到细菌都有,可能翻完一整页都看不到HIV的信息。

 

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包括细菌和鱼类等很多物种都有这个序列,而作者偏偏“别有用心”地选出了HIV

 

再缩小一下搜索范围,把物种限定在HIV里搜索得出;

 

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搜索后确实能在HIV上找到具有100%一致性的肽段;

 

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以上的所搜所得;该科研团队使用了无聊至极的偷换概念以及以偏概全的手段进行误导。

 

深入浅出的概括就是:有一网上发表的文章,你想证明此篇文章是抄袭的。从此文章中筛选出“万万没想到”这五个字进行搜索,并且输入某某知名人物的名字进行搜索。

 

所得结果某某知名人物也发表过这几个字,这边文章定是从此名人那里抄来的。事实上,发表过这几个字的人在网上有许多,并不是某人的专属。

 

蛋白质序列和文字一样,序列越短,随机出现在各个物种的概率就越高,拿6个片段比对出的结果是毫无意义的。甚至很无趣。

 

偷换概念意图险恶

 

此文章的作者一直在引导大家把新型冠状病毒和HIV病毒联系在一起,但事实上这两种病毒的感染方式截然不同;

 

病毒感染的第一步是和细胞上的受体间特异性结合。HIV的常见受体蛋白是人免疫细胞上的表面抗原分化簇4受体蛋白(CD4蛋

白)。人体只有部分免疫细胞会合成这个受体蛋白,没有这个受体的细胞很难被感染。

 

而且HIV无法感染除了人以外的其他动物,在小鼠或其他实验动物中研究HIV的感染过程,首先需要通过转基因技术将人的CD4蛋白转入小鼠的免疫细胞中,否则研究无法进行。

 

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2019-nCoV的刺突糖蛋白所结合的受体是血管紧张素转化酶2(ACE2),在很多黏膜组织细胞中都广泛存在;这使它能通过呼吸道及其他黏膜进行传播;

 

受体和感染过程都有天壤之别,此文作者仅从几个的零星的肽段就推断2019-nCoV从HIV那里获得了“超能力”,实为故弄玄虚。

 

此篇文章上传以来,已经饱受来自世界各国科学家的质疑和批评,作者自己也表示会根据大家的意见重新修改文章,避免带来更多误解。

 

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此篇文章有违科研的严谨以及存在逻辑上的谬误。望广大网友擦亮双眼,多一些独立思考。对此类不实文章以及报道提高警惕,

莫要成为乌合之众成为幕后者的子弹。

 

 

 

参考资料:

[1] https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.01.30.927871v1

[2] https://www.sciencemag.org/news/2020/01/mining-coronavirus-genomes-clues-outbreak-s-origins

[3] https://greatgameindia.com/indian-scientists-discover-coronavirus-engineered-with-aids-like-insertions/

此文参考并借鉴果壳工作室的文案及观点,万分感谢